影响农村污水处理设备运行和管理水平的因素很多，其中包括产权责任，业务管理模式以及国家和地区政策体系等体制因素。还存在诸如护理人员的运营资金，管理和技术技能等因素。当前，在农村生活污水处理设施的运行管理中，亟待解决的几个问题。

不科学的规划设计
许多农村地区的污染防治工作已经非常迅速地开始。在不考虑当地实际情况的情况下，简单地进行一些规划设计就已经形成了很大的规划设计能力。例如，苏北某乡镇污水处理厂总投资178万元，设计污水处理规模为500t / d。由于配套管网建设的滞后，实际收集的生活污水无法达到满负荷运行，设施无法连续运行24小时，设备长时间闲置，效率降低。
缺乏专业的运营管理人员
大中型城市污水处理厂的管理人员应具有相应的专业技能，其人数应能满足污水处理厂的需求。但是，农村生活污水处理设施的运营和管理涉及许多主题，包括乡镇政府，乡镇或供水站以及村委会。权力和责任的不平等很容易导致推脱，管理失误等。农村污水处理设施的管理人员主要是当地村民。他们缺乏环保知识以及设备操作和管理技能。他们只能负责日常设备维护。他们没有资格进行专业的系统维护。等波动。
不能保证维修费用
资金短缺一直是限制农村污水处理的问题。中国大约有60万个村庄，其中许多村庄缺少必要的环境保护设施，迫切需要财政支持。由于缺乏科学的筹资机制和渠道，私人资金难以投资。仅靠财政预算就难以解决地方财政困难，特别是对于欠发达的西部地区而言。
污水处理设施建成后，为了保证设备的长期稳定运行，必不可少的维修资金是必不可少的，许多乡镇地区也缺乏相应的环保资金保障体系。除了少数几个在预算中包括运营管理和安全资金的地区外，大多数地区只有少量补贴，无法满足设施正常运行的需求，而且设备“日晒”现象减少了设施效率水平。
管理系统不健全
它的突出表现在两个方面：一是不同地区管理水平的差异，二是缺乏统一的标准体系。一些乡镇对设施的运行进行了严格的监督，运行和管理水平较高，但在一些相对落后的地区，由于缺乏关注和技术水平，设施的运行效果并不理想。在某些地区，没有明确的管理目标，评估方法不科学，量化不佳，评估指标通常单一，区域管理要求不同以及许多地区的水质较差；行政法规不完善，没有解决设计问题的依据。建设运营管理，管理是专断的。